地味に長い事はまってた事なんですが、タイトルどおりFedora Core 6にて、 scim-anthy gaim で日本語入力をしようとすると強制的に未変換の文字列が確定してしまう件なんですが、 SCIMの設定で、--の「フォーカスアウト時の挙動」に応じた処理になっていたよ…